现场矿坑外，狗狗小杰似乎感受到洞内藏有什么怪物而狂吠不止，随后还冲入坑洞；小主人小功因为关切小杰安危，也跟着追进去。看见孩童家人担心惶恐的样子，奈奈不顾队员的拦阻，驾“HEART动力车”突破封锁管制线闯进现场。
就在奈奈顺利寻获小功与狗狗时，山脉又开始产生震动，奈奈等人来不及脱困，无线电也断讯无法联系。山脉崩裂之后，冒出一只巨大怪物──脉怪兽“阿纳卡尔”。仔细一看，SX战车竟被吸附在怪兽身上，车内俩人因为先前剧烈震动而昏厥过去。HEART队决定先救二人，并阻止怪兽走向人多的镇上。因为SX战车无法脱困，使得HEART队攻击行动显得捉襟见肘、左右为难。即使以导弹攻击怪兽下盘，依然无法阻止怪兽的前进，而且它还毫发未伤。HEART队原想用“急速冷冻导弹”抑制微生物的生命力，后来因人质牵累而做罢。
此时，神乐为了救困在怪兽身上的奈奈两人，直接跳出战机想亲自驾驶“HEART动力车”脱困，但怪兽的攻击使的神乐难以行动，此时，周遭时间突然停止。在空中的神乐见到了一位自己曾在外太空出事时，一位前来搭救，熟悉的红色身影。在红色巨人的一番话后，神乐接住了一道光，那道光在神乐手上变出了一个变身器，神乐此时大喊:“奈欧斯！”，神乐变身成为了奈欧斯奥特曼开始了保卫地球的战斗。
在最终决战中，奈欧斯奥特曼与同样来自于M78星云光之国来的奥特曼战士·赛文21奥特曼共同对抗由太阳黑子而产生的最终怪兽曼修海特，起初奈欧斯奥特曼与赛文21奥特曼并非兽化的曼修海特的对手，曼修海特只用了两招就打倒了两大奥特曼。
后来萨姆少年对奈欧斯舍命变身保护自己十分感动，牺牲了自己为奈欧斯奥特曼和赛文21奥特曼补满了能量。悲愤交加的奈欧斯和赛文21奥特曼使出双重光标使曼修海特蓄力失败，并将曼修海特的角被打碎由此失去力量来源，从空中掉落，接着就被奈欧斯奥特曼和赛文21奥特曼一顿暴打，最后曼修海特使用了终极必杀-紫色光束闪电，但失去了能量来源，力量大减，奈欧斯奥特曼和赛文21奥特曼都使出最强光线，与曼修海特的紫色闪电相互抵消了一下子后，曼修海特的紫色闪电就被压制了回来并反弹到曼修海特身上并最终彻底消灭了曼修海特。
在打败曼修海特后，奈欧斯奥特曼与神乐元气分离，和赛文21奥特曼一起回到了光之国。
光之国的罪犯贝利亚奥特曼越狱，击败了泰罗率领的拦截队后入侵到了光之国本土。包括奈欧斯奥特曼在内的众多奥特战士紧急集合，展开阻击战围攻贝利亚，但贝利亚实力强劲，警备队的战士们都被击败。最后，贝利亚夺去了等离子火花核心，奈欧斯等奥特战士们都被寒流冻结，整个光之国陷入冰封。
但贝利亚实力强劲，警备队的战士们都被击败。最后，贝利亚夺去了等离子火花核心，奈欧斯等奥特战士们都被寒流冻结，整个光之国陷入冰封。