磁力怪兽玛格纳顿，是全身由岩浆凝聚后变异而成的怪兽，不断吸收地球的磁力为能量而壮大。玛格纳顿本来一直沉睡在北极的地底深处，受到地壳变动的影响而苏醒，瞄准了日本熊泽谷出因为修建大坝变得薄弱的地壳，从北极地底来到熊泽谷潜伏。玛格纳顿散发出的强大的磁力，短短数天内就让5架大型喷气式客机被吸引到地面而坠毁。不久后，玛格纳顿更冲出地面，盘踞在熊泽谷大坝上。
玛格纳顿的出现，令熊泽谷笼罩在恐怖的氛围中，大坝发电站的工作更陷入停滞。MAT队出动迎战玛格纳顿，但由于玛格纳顿散发磁力，让MAT的战斗机无法接近，于是转入地面作战。根据物理学里硬的东西容易碎的原理，乡秀树提议，使用装载普通型炸弹攻击玛格纳顿，将玛格纳顿炸得四分五裂。但在当晚，玛格纳顿就依靠地球磁力的能量，又吸收落雷后重组身躯而复活。MAT再度赶来阻击怪兽，但是玛格纳顿的身体防御力强劲，镭射光线完全不起作用，MAT最终落败，乡秀树也在战斗中负伤。
加藤队长展开通电作战，用大功率电线连接到玛格纳顿的身上，通过熊泽谷大坝发电站集中日本各地传送来的电力后，再释放来电击玛格纳顿。作战开始十分顺利，玛格纳顿的身体开始溶解，但电线最终因为超负荷而烧毁，通电作战失败。玛格纳顿展开破坏，大坝被毁，整个熊泽谷陷入顷刻被淹没的危机。乡秀树变身为杰克・奥特曼登场，使用奥特手镯的力量修复大坝，随后和怪兽展开决战。
玛格纳顿利用磁力以及自身的力量，令杰克的进攻受挫，更用背部的尖角困住并电击杰克，占据优势；杰克只能收回奥特手镯，破解了玛格纳顿的束缚。玛格纳顿能吸收地球磁力，只要还在地球上它就是不死之身。于是，杰克用奥特手镯施展「反重力光线」，短暂消除玛格纳顿的磁力，并将玛格纳顿运送到宇宙中的某个外星球上作战。失去了地球磁力，玛格纳顿完全失去优势，最终被杰克使用「奥特火花」消灭。
台风怪兽巴利凯恩，拥有自由自在地生成・消灭大型台风的能力。自从在密克罗尼西亚近海诞生后，接连制造出多个大型台风肆虐海上及各个岛屿，一路朝着日本进发。气象局曾多次捕捉观测到巴利凯恩制造出的台风，但巴利凯恩每次都会在被观测到不久后就将台风消除，因此造成了气象局的困惑，MAT也无法解释其中的玄机。
巴利凯恩进入东京上空后，躲藏在山地一带休息，意外被乡秀树发现。MAT制定作战计划，两艘爱罗1号战斗机以麻醉弹攻击巴利凯恩，迫使其失去行动能力降落地面。但偏偏巴利凯恩降落到了发电场所在地，被高压电流冲击，麻醉弹效力急速衰减，巴利凯恩受到刺激后展开破坏，制造出更猛烈的暴风雨袭击东京。
MAT的作战失败，乡秀树变身为杰克・奥特曼登场迎战怪兽。但巴利凯恩制造的暴风雨太过猛烈，杰克难以招架；巴利凯恩更以触须压制杰克进行电击，就连杰克的「斯派修姆光线」也被巴利凯恩吸收。面对占据大优势的巴利凯恩，杰克采取空战策略，以「奥特火箭弹」将巴利凯恩击落后，又使出「奥特螺旋桨」，将巴利凯恩从地面上升带往宇宙空间中，爆炸粉碎。