虽然和黄立极、徐光启谈论陕西事务时，朱由检摆出了一副胸有成竹的神情。也让这两位内阁大臣们接受了，他提出的看似和稀泥的主张。但朱由检心里并没有表面上看起来这么乐观，会谈后他让人先送走了黄立极，自己则留下和科学院的院士、研究员们交谈了一会，这才转身离开了科学院。
乘坐马车返回皇城的朱由检，并没有直接回去后宫，而是去了总参部所在的武英殿。得到皇帝驾临的消息之后，孙承宗便带着总参谋部的成员们走出了殿门前来迎接崇祯。
朱由检走上月台后，对着向自己屈身行礼的官员们挥了挥手说道：“不必多礼了，都进去说话吧。朕今日过来，就是想知道昨日朕命人送来的文件，总参谋部讨论出结果来了吗？”
孙承宗直起了身子，看着崇祯说道：“臣等到是讨论过了，但是现在尚没有得出结果，陛下不如先入殿再说？”
看着孙承宗侧身作出邀请的姿势，朱由检转着眼珠想了想，便沉默的向着武英殿内的会议室走去了。在会议室内坐下不久，朱由检便再次向孙承宗等人说道：“这样，就从孙先生的下手开始，每个人都发表一下自己的意见好了…”
孙承宗看了会议桌周边的下属一眼，便点头赞同道：“这样也好，就从伯雅开始吧。”孙承宗说着便转头看向了自己右手边的孙传庭，以眼神示意他起身发表意见。自从孙传庭进入总参谋部后，因为他的进士身份，加上个人的才能，很快便取代了外放的袁崇焕，跃居于茅元仪之上了。
而出身于山西代州的他，在爆发了晋商通敌案之后，山西本地官吏的纷纷落马，也使得他成了不少山西士绅支持的对象，这让原本默默无闻的孙传庭，在京中倒是渐渐声名大噪了起来。
面白而短须的孙传庭，看起来就如一寻常的文士，得到了孙承宗的指示后，他便起身不疾不徐的向崇祯说道：“洪巡抚带领贺人龙、艾万年两军不足万人，独力剿灭了陕西高迎祥、紫金梁等多股土贼合并的数万大军，为陕西地方解去了大『乱』的危机，从这个结果来看，他们的确是有功之臣。
虽然，在平『乱』过程中，洪巡抚处置有不当之处，军中的将士也有违背军纪的行为，给朝廷造成了很大的困扰。但是现在如果我们要对洪巡抚和军中将士进行处罚的话，不仅会坐实了官军滥杀无辜的传闻，也许还会引起立功将士的不满，刚刚安定下去的陕西局势，也许又会出现反复。
臣以为，是不是对贺人龙、艾万年两将加以惩罚申斥，放过下面的将士，将这件事进行冷处理为好…”
接下去的几位参谋，也都认同了孙传庭的主张，唯有卢象升站起来之后，却慨然反对道：“如果放着杀戮平民的将士不管，这是置朝廷纲纪于何物？我们今日因为担忧贺人龙、艾万年两军会仗着武力反对朝廷律令，因而不做处罚。
那么他日再有军中将士犯错，我们究竟是管还是不管？若是不管的话，武人挟兵自重，岂不是要蔚然成风？武唐藩镇之祸，将始于今日…”