王嘉胤并不清楚苏越所谓的时机没到是什么意思，但是他倒是很敏锐的意识到，这场战争背后也许是个阴谋。
这场围城战从三月下旬一直延续到了四月末，马六甲城地区属于热带雨林气候，基本每日上午闷热晴朗，接着天空的积雨云越积越厚，午后则暴雨倾盆，大雨过后天气变得凉爽，第二天又继续如此。
这样的天气给亚齐人造成了很大的麻烦，不过在大明派出的军官帮助下，这一次的亚齐军总算学会了修建一个不会积水的军营，并将疫病者隔离开来。
亚齐苏丹伊斯坎达.穆达终于忍耐不住，带着自己的宫廷跨越了海峡，来到了马六甲河西岸督促战争。
五月一日上午，伊斯坎达.穆达前往了马六甲城的外城区，试图鼓励自己的将士继续把战争进行下去。不过这显然是一个错误的决定，在他巡视的过程中，发生了一次猛烈的爆炸，这次爆炸不仅将伊斯坎达.穆达送上了天堂，就连跟随苏丹一起巡视的宫廷大臣们也死伤惨重。
亚齐苏丹的外甥伊斯坎达.塔尼和马勒穆达、贾帕克互相指责是对方布置了这场爆炸，就在双方剑拔弩张就要在葡萄牙人眼皮底下进行火拼时，王嘉胤率领着八百人插入了双方之间，让双方暂时冷静了下来。
随后，苏越和杨天生邀请了双方进行谈判。在他们的调停之下，马勒穆达、贾帕克决定向伊斯坎达.塔尼宣誓效忠，作为回报他们将获得南苏门答腊的统治权力。
伊斯坎达.塔尼获得了亚齐苏丹的继承权后，便和马勒穆达、贾帕克一起向士兵宣布，苏丹伊斯坎达.穆达实际上是被葡萄牙人的火炮击中了，并非死于阴谋。
三人还向士兵们宣布，由于苏丹的死亡，所以战争结束了。他们将会把苏丹的尸体送回亚齐，而各位士兵回到亚齐后，都将会从国库里获得一份奖励。
三位统帅大军将领的一致宣告，很快就将亚齐士兵们给安抚了下来。在葡萄牙人的城堡下磨了一个多月后，糟糕的气候和葡萄牙人的防御，让亚齐士兵再一次失去了作战的勇气，开始担忧起葡萄牙人的援军会不会到来了。
苏丹的死亡，更是让这些士兵们想要尽快回家，离开这个不详之地。因此在听了三名将领的共同宣告之后，士兵们很快就承认了新苏丹的诞生和军队撤兵的决定。
伊斯坎达.塔尼、马勒穆达、贾帕克三人都在第一时间陪同着前苏丹的尸体过了海峡，希望能够早日让国内接受他们在马六甲城下达成的协议。
三人只带走了自己最亲信的部队，这导致还有上万人被遗留在了马六甲城下。这些亚齐人很快就被苏越雇佣了下来，随即就被指派给了王嘉胤去率领。
王嘉胤此次从台湾带出了两个移民和罪犯组成的营级单位，一个投靠大明的高山生番组成的突击大队，总计1800人左、右。
在重新规划了围城阵型之后，王嘉胤便竖起了大明的旗帜，然后派人向圣保罗山上城堡内的葡萄牙人喊话，要求他们无条件投降，则大明将保证他们的生命安全和个人财物。