崇祯十一年四月二日，叶尔羌汗派往布哈拉的使者带回了布哈拉汗伊玛目・库里的回信，布哈拉汗理所当然的拒绝了叶尔羌汗无礼的要求，并威胁要向叶尔羌汗清算和卓沙迪死亡的真相，布哈拉汗显然是在暗示，是叶尔羌汗杀害了和卓沙迪。 .
叶尔羌汗克雷实际并无心同布哈拉汗国进行战争，即便他在国内清理了和卓沙迪的家族和黑山派的一部分层教士，但黑山派在下层民众的影响力依旧很大。
如果不是喀什噶尔的一部分宗教人士支持他，加马守应等军将士的效忠及明国军队在叶尔羌汗国的驻扎，叶尔羌汗估计早被黑山派赶下台了。
向布哈拉汗国提出交涉的目的，一是为了转移国内民众的视线；二便是为了应付明国的请求。克雷汗虽然不甚精明，却也知道明国并不希望叶尔羌汗国同布哈拉汗国之间的关系过于密切。
他本想借助这次交涉拖延一点时间，好让他有时间整合国内的力量。虽然东部可汗的势力已经被明军给收编了，但是叶尔羌汗国也四分五裂，阿克苏以北地区几乎已经不再受其控制。克雷汗依靠明国的力量打倒了自己的政治对手，但也并不想成为明国的傀儡。
然而布哈拉汗似乎完全没能理解他的苦衷，直接将口舌战争升到了武力威胁的层面，并打起了为和卓沙迪复仇的旗号。显然此时的克雷汗并不清楚，虽然一向提倡宽容的伊玛目・库里依然在位，但是和平了数十年的布哈拉汗国已经开始不满于自己的疆域面积了。
以汗位继承人纳狄尔・穆罕默德为首的布哈拉贵族们，一边对着北面的兄弟希瓦汗国虎视眈眈，一边也没忘记盯着西面的叶尔羌汗国。数十年的休养生息，不仅让布哈拉汗国人口获得了极大的繁衍，也令布哈拉的贵族们再无荒地可以开拓，他们要么互相侵吞，要么便是打出一片新的国土出来。
布哈拉汗国周边的形势来说，应该是希瓦汗国最适合吞并。建立在花剌子模绿洲的希瓦汗国和布哈拉汗国一样，自称是昔班尼的后裔，又信仰着同一种宗教，极适合统一为一个国家。且花剌子模位于阿姆河下游，不仅农业极为发达，也是通往波斯、奥斯曼、欧洲等地的重要路口。
但是现在叶尔羌汗自己凑来给布哈拉汗国送来了战争的借口，那不由纳狄尔・穆罕默德等人叫嚣战争了。年迈的布哈拉汗并无力阻止儿子和贵族们好战的情绪，加叶尔羌汗国刚刚爆发了一场内战，布哈拉没有一个人认为叶尔羌汗国有实力抵挡他们的进攻，因此布哈拉汗对这场即将爆发的战争采取了默许的方式。
刚刚强势镇压了国内黑山派教士及反叛贵族的克雷汗自然不能对布哈拉汗示弱，也不可能承认他同和卓沙迪的死亡有关。于是克雷汗召集了众埃米尔对布哈拉汗的狼子野心进行了批判，并决定讨伐布哈拉，为叶尔羌汗国被暗杀的埃米尔们复仇。
在明国派出的顾问建议下，克雷汗借此机会将都城从叶尔羌搬迁到了喀什噶尔，名义是为了更好的应对战争，事实则是为了远离黑山派势力的大本营，清除叶尔羌宫廷黑山派势力的影响。