黄立极的担忧并不是少数人的想法，大部分内阁成员都认为，不受文官控制的军队是他们无法接受的。
文官们从土木堡之变后，才好不容易把大明的军队纳入到自己的管辖之下。他们显然不愿意，武官接着这个什么西南都护府建立的机会，再次脱离出文官们的控制。
如果不是五军都督府总参谋部掌握在文官手中，黄立极等人大约都要就此攻击，提出设立西南都督府方案的总参谋部是别有居心了。
在这种以文御武的大是大非的问题上，即便是徐天启和李天经也保持了沉默，并没有站到皇帝的立场上。
在这种局势下，朱由检也不得不做出了退让。黄立极等内阁大臣同样认为，四川、贵州的军事和民政需要统一，且支持平『乱』的后勤基地云、粤、湖三省，也应该归于平叛指挥者的管辖之下。
因此内阁提议，任命一名干练官员总督云、贵、川、粤、湖五省，负责平息奢安之『乱』，并管理西南都督府。
朱由检最后妥协道：“好吧，朕同意各位先生的决定，设立五省平『乱』总督一职，那么各位先生认为谁可担任这个五省总督一职？”
经过了一番的讨论，大部分内阁成员，包括首辅黄立极在内，都建议朱燮元出任此职。
理由是永宁土司奢崇明叛『乱』时，分四路各兵数万连破41州县，水陆并进包围成都。当时蜀王命朱燮元治军。以“贼动我止，贼止我动“战术，诱敌深入，大败敌军，解了成都之围。
正是在朱燮元的指挥下，四川、湖广地区的军队把奢崇明赶出了四川。不过后来四川和贵州的官员争功，朱燮元又因为父丧而回乡守制，所以同水西土司安邦彦合流的奢崇明，声势再度浩大了起来。
朱燮元有指挥作战的能力，又熟悉四川、湖广的平叛将领，且对于叛军的头目也较为熟悉，因此内阁认为这是一个合适的人选。
朱由检考虑了半天后说道：“朕对于朱恒岳的任命并不反对，不过朕有两个要求，第一、朱燮元对于平叛指挥负有全责，主管五省军政大权。他可以决定如何平叛，但是具体的作战行动，必须以西南都督府的意见为主；
第二、朕会任命尤世威组建西南陆军军官学校，同时兼任西南都督府宣教正，执掌西南平『乱』诸军的军纪及整军事宜，并记录平『乱』诸军所立功劳。任何人都不得干预西南都督府宣教正的工作。”
黄立极等人讨论了一会，就同意了皇帝的条件，达成了双方的妥协。
内阁保住了文官驾驭武将的传统，而皇帝也达成了成立西南都督府和西南陆军军官学校的愿望。
朱由检随后接着说道：“我大明治理边疆少数民族，多以土司和羁糜卫所管治。这种模式固然在地方上比较有利，不过对于朝廷来说，缺乏一个总体掌握边疆少数民族政策的机构。
所以朕打算设立一个民族事务委员会，管理少数民族文化及教育等事务，这个机构将会直接听命于朕。