台湾北港位于现在被改称为北港溪的右岸，这座新建的港口城市，是以曾经的海盗据点为基础改建的。
当初作为海盗的据点，北港还是比较适宜的，因为北港溪入海口这段河道不但迂回，而且分成了许多分岔，除了少数几条可以通航之外，大多数都已经淤积成了浅水沙洲，不熟悉此地情况的船只很容易就会搁浅。
而北港码头又是一座内河码头，它距离海岸线还有1公里之远，入海口的沙洲和岸边都生长着茂盛的红树林。从海岸线往里望去，很难发现这里有一条可以入航的河流。因此它的隐蔽『性』远远超过了，更南面的大员港。
当初便是因为这一点，海盗们才把自然条件更为优越的大员港让给了荷兰人停泊船只，而给自己保留了北港。
但是当十八芝海盗集团被招安，北港成为大明在台湾的官方港口，也是郑芝龙设想中的大陆货物转口港时，北港先天不足的『毛』病就开始暴『露』无遗了。
北港溪终究是一条溪流，而不是河流。北港以下地段虽然可以通航，但是北港以上部分却因为水浅流急，而不能用于航运。
而且北港溪有着台湾大多数河流共同的『毛』病，流程过短，上游暴雨则下游洪水，旬月不雨则溪流干枯难以浇灌两岸开发出来的田地，甚至能够影响到下游港口的船只停靠。
最让人头痛的，还是洪水泛滥时从上游携带下来的沙土，不断的淤积在入海口，形成了大大小小的沙洲，妨碍了港口的扩大工程。
因此虽然此地开发较早，附近已经开拓出了10多个汉人移民村寨，维持港口的人力和物力并不缺乏，但是郑芝龙对于此地依旧不怎么看好。
就算是修建扩大港口和清理航道，也是犹豫不决，三心二意的。在郑芝龙看来，北方的鸡笼港、南方的大员港，才是台湾最为出『色』的优良港口，可以停泊欧式的大船。在次一些，则北面的淡水河也算是不错的内河航运码头修筑点。至于北港码头，投入巨大而回报却远低于以上这些港口。
不过，北方的鸡笼港和淡水河区域才开始从大陆移民，此地还处在当地土人的控制之下，想要将两个港口开发出来，投入的时间和资源必然是非常惊人的，光靠他的力量是完成不了这样的投入的。
更不必提，台湾北部已经被台湾拓殖公司所预定，有许心素的推波助澜，加上内府和北方各家商绅在背后出力，就算是他这个台海巡阅使也不敢去动这些人看上的猎物。
只有南方的大员港，虽然皇帝同荷兰人签署了贸易协定，让双方之间因为贸易而激化的矛盾缓和了下来。但是在协议里已经注明了，整个台湾岛都属于大明的领土，荷兰人所占据的大员港只能作为租借地。
因为这项贸易协议的签订，荷兰人不得不暂时停止了，在一鲲鹏上修建要塞的工程。虽然在郑芝龙派出人员的监视下，荷兰人的要塞并没有完全停止，他们以内部修建人员住所的名义，依然还在偷偷施工，但是进度之缓慢，就连郑芝龙也没有放在心上了。