登基后不久，黄台吉就夺走了杜度手中的镶白旗，让自己的儿子豪格成为了镶白旗旗主，使得手中领有了两白旗33个牛录。
努尔哈赤在世时，分给了多尔衮三兄弟两黄旗各15个牛录，他自己亲领15个牛录。努尔哈赤去世之后，黄台吉做主把这15个牛录交给了三兄弟中最小的弟弟多铎，让多铎独自领有一旗。
因为多铎年幼不能管理本旗事务，因此这一旗便等于暂时握在了黄台吉的手里。而黄台吉又在天聪二年找了一个借口，废除了阿济格的爵位和旗主身份，让多尔衮接任了他的旗主位置，从而断绝了阿济格对于两黄旗的影响力。
黄台吉名下的两白旗同多尔衮兄弟的两黄旗换旗之后，便开始极力拉拢这两位弟弟，首先便是在天聪二年带着多尔衮兄弟出征察哈尔西迁后的留守部落，这次出征不过是一次打死狗而已。
在之前的数年里，察哈尔外围的蒙古部族都已经被莽古尔泰征服了，这也是林丹汗感觉在辽东待不下去，选择西迁的主要原因。没有了这些外围部落的护佑，女真人的骑兵都可以直接对林丹汗的直属本部进行突袭了。
而林丹汗西迁之后，又带走了察哈尔部中的青壮，只剩下了一些老弱病残，因此当黄台吉以多尔衮兄弟的名义，指挥强大的两白旗武力对这些留守的部族进攻时，自然也就遇不到什么阻碍了。
这样的战争，对于两白旗和两黄旗的女真兵将来说，都是一个很让人满意的任务。毕竟他们的收获要远远大于战争中遇到的损失，比起阿敏带着大军往征朝鲜，虽然带回了大批财物和人口，但是本旗却遭遇了重大损失相比。
攻打察哈尔在辽东的留守部族，简直就是一场武装游行。两白旗的军将们满意了，年幼的多尔衮兄弟自然更加不敢违背黄台吉的命令了。毕竟他们还能保住自己的牛录和爵位，完全是这些军将们在背后的支持。
现在这些两白旗将领们如此兴高采烈的听从了黄台吉的命令，他们可弄不清楚，这究竟是真心还是假意。如果这些将领有人真心投靠了黄台吉，他们两人如果再口出怨言的话，难道还有什么好下场不成？
多尔衮兄弟对于黄台吉的惟命是从，对于其他三位大贝勒来说，就不见得是什么好事了。虽然兵强马壮的两白旗并没有被划入黄台吉的名下，但如果黄台吉能够如臂使指的指挥两白旗，那么这同两旗旗主是不是黄台吉有什么不同呢？
仅仅只用了两年时间，黄台吉就从八旗倒数第二的旗主贝勒变成了掌控4旗的后金大汗，其中包括了实力最强的两白旗。就算是三大贝勒联手，也不过同黄台吉打个平手，更何况现在三大贝勒之间矛盾重重，一时难以看到联手的可能。
对于代善来说，虽然他觉得自己还有些退路，毕竟他有着拥戴之功，但是依然对于这个兄弟疑虑重重。代善所领有的两红旗，其中镶红旗在儿子岳托手中，但岳托同黄台吉的关系要远远好于他这个父亲。
岳托的母亲死后，就被努尔哈赤带入了汗庭抚养，抚养岳托的正是黄台吉的母亲。因此岳托和黄台吉之间，虽然相差了一辈，但是两人的关系却亲密的像是亲兄弟一样。