后来舜开始『操』理朝政，他所碰到的首要问题也是治水，他首先革去了鲧的职务，将他流放到羽山，后来鲧死在那里。
舜也来征求大臣们的意见，看谁能治退这水，大臣们都推荐禹。
他们说：“禹虽然是鲧的儿子，但是他的父亲德行能力都强多了，这个人为人谦逊，待人有礼，做事认认真真，生活也非常简朴。”
舜并不因他是鲧的儿子，而轻视他，很快把治水的大任交给了他。
大禹实在是一个贤良的人，他并不因舜处罚了他的父亲嫉恨在心，而是欣然接受了这一任务。
他暗暗下定决心：“我的父亲因为没有治好水，而给人民带来了苦难，我一定努力再努力。”
但是他知道，这是一个多么重大的职责！
他哪里敢懈怠分毫。
考虑到这一特殊的任务，舜又派伯益和后稷两位贤臣和他一道，协助他的工作。
当时，大禹刚刚结婚才四天，他的妻子涂山氏是一位贤惠的女人，同意丈夫前去治水。
大禹洒泪和自己恩爱的妻子告别，踏了征程。
禹带领着伯益、后稷和一批助手，跋山涉水，风餐『露』宿，走遍了当时原大地的山山水水，穷乡僻壤，人迹罕至的地方都留下了他们的足迹。
大禹的治水之心感动了九天玄女，玄女娘娘也不忍天下苍生被水患涂炭，便将神卷、神玉和息壤传给了大禹，并教会他融合宝物的秘法。
大禹使用五曜神珠找到了华夏的总龙脉和九条主龙脉，并将龙脉一一的唤醒。
在治理水患的过程，大禹将天下分为九州，分别是冀州、兖州、青州、徐州、扬州、荆州、豫州、梁州和雍州。
大禹的治水方法是把整个华夏的山山水水当作一个整体来治理。
他先治理九州的土地，该疏通的疏通，该平整的平整，使得大量的荒地变成肥沃的土地。
然后他治理山。
经他治理的山有岐山、荆山、雷首山、太岳山、太行山、王挝山、常山、砥柱山、碣石山、太华山、大别山等，是要疏通水道，使得水能够顺利往下流去，不至于堵塞水路。
山路治理好了以后，他开始理通水脉，长江以北的大多数河流都留下了他治理的痕迹。
大禹治水讲究的是智慧，如治理黄河游的龙门山是如此。
龙门山在梁山的北面，大禹将黄河水从甘肃的积石山引出，水被疏导到梁山时，不料被龙门山挡住了，过不去。
大禹察看了地形，觉得这地方非得凿开不可，但是诺大一个龙门山又如何凿开？
大禹选择了一个最省工省力的地方，只开了一个80步宽的口子，将水引了过去。