辽东的战事让朱有孝非常高兴，困难的局势终于有所改变，现阶段来说，不太用担心辽东的局势了，这让朱有孝很有成就感，努尔哈赤席卷东北，然后鲸吞中原的事情，在自己的出现后应该不会发生了。
进入九月份，北方的玉米、红薯、土豆都已收获的差不多了，北方的粮食问题已经有所缓解。但是，离朱有孝希望的能够吃饱还有所差距，现在的老百姓还是每天只吃两顿饭，朱有孝的希望是老百姓每天要吃够三顿饭，最好每天都能吃上肉。当然了朱有孝只能想着方面努力，五年或十年大概能解决就不错了。
烦心的事总是伴随着朱有孝，九月底还是传来了不幸的消息，四川的奢崇明造反了。本来朱有孝觉得不再调集奢崇明入辽东作战，他就不会有借口进入重庆了，也就不会有再借阅兵之际杀死巡抚徐可求和二十多名军政人员的事情了。谁料到这奢崇明还是造反了，看来这基层的官员们确实成问题，必须要想法解决，不然的话一有风吹草动，老百姓一被忽悠就起来造反可不是什么好事。尤其是将来几年是小冰川的活跃时期，旱灾、涝灾持续不断，没有稳固的民心，大明朝就危险了。
既然有动乱，那就得派兵，历史上朝廷曾经调动贵州和四川各地兵马平叛，结果反反覆覆，一直到崇祯年间才彻底消灭。
据情报显示，这次奢崇明是悄悄的、分散的派出二万人马抵达重庆，趁着九月十五日重庆巡抚徐可求宴请群僚的时候，出其不意，迅速保卫巡抚衙门，结果将一班正喝到兴头上的官员一网打尽，并且迅速占领了武备库，击溃闻讯赶来的官兵。这些官兵们本来作战不至于这么差劲，无奈群龙无首，只好做鸟兽散。
朱有孝决定这次来个牛刀杀鸡，来一个大圈包围，小圈决战，然后分片围剿，接下来在四川、贵州、广西、云南这几个行省实行改土归流，彻底废除土司、部落、头人制度，凡是听话的首领门都集中到省城养起来，可以按规定收租、经营实业，或者做寓公都行，实在想在老家呆着也行，解除一切拥有的武器，不许拥有私人武装，必须废除所拥有的奴隶制度，所有佣人必须拥有人身自由，地租由政府统一制定，安全由政府的警察部队负责。凡是不服从这些安排的首领做最简单的处理——杀掉，分掉其土地、财产，直接给其奴隶和佣人。当然，这些政策可以实施，不能宣布，不然的话这些省的土司、头人、首领一起造反，那也不是朱有孝能够承受得了的。
历史上对奢崇明的平叛用了将近十年，主要原因一方面奢崇明实在狡猾，已有风吹草动这家伙就逃掉了，另一方面就是平叛的明军人数太少，每次打的都是击溃战，虽然每次都胜利了，但是奢崇明都没有伤筋动骨，都还有再战的能力，以至于奢崇明在四川搅得乱七八糟，民不聊生。到后来张献忠入四川，杀得四川血流成河，跟奢崇明叛乱有一定关系，叛乱的时间太长，四川的人力物力损失惨重，以至于到清朝初期才有了“湖广填四川”的人口大迁移。