随着对沙俄帝国战役的结束，朱有孝开始对小玉兹汗国、希瓦汗国等采取经济合作，军队的战斗就非常少了，为了更重要的经济建设，朱有孝继续将一部分部队变为建设兵团，让他们继续留在那里，充实边疆地区的人口，如果短时间内发生战争，还可以拿起武器继续参加战斗。
孙传庭坐镇秉忠堡堡，成为新成立的朱堡行省总督，管理这个行省的一切军民事务，张秉忠主官军事训练，副手是贺人龙，硕垒坐镇朱堡，变成了纯粹的地方行政官，巴图尔成为西平城新成立的西平府巡抚，负责这一地区的军民事务。
朱有孝安排好这些地方事务以后，便将毛文龙的部队全部调回北京，这家伙属于好战分子，打理地方事务还不如他手下的几个干将，最起码像孔有德、尚可喜还做过后来清朝的藩王，而毛文龙现在只是朱有孝培养的战将，他的三大部下现在也是彪悍的战将，他们不能闲下来，需要继续在部队发挥特长。
毛文龙的部队经过精简，最后留下一万人的规模，三大部下每人各带三千精锐，毛文龙自己则留下一千士兵做护卫。这一万精锐的士兵既有作为骨干的基层军官，还有更多的是从近年战斗中表现突出的新兵，人数虽然不多，但是战斗力非常恐怖惊人。
至于从毛文龙部退役的士兵，朱有孝却没有让他们集体转业变成建设兵团，而是把他们交给了郑三炮，让他驻扎在那个无名小镇，不过现在已经有了名字了，新名字就叫做定军堡，士兵们摇身一变成了武警部队，郑三炮就成了朱堡行省的武警司令，负责地方的安全，这是一只新型的武装形式，将主要负责地方治安，必要时也会参与正式战斗。
毛文龙的部队整编好以后，朱有孝将他们留在京城继续训练，武器装备方面继续保持最先进的配备，朱有孝并不是想让这支部队守卫京城，那样太浪费了，现在京城就算是没有一个士兵卫戍也是安全的，老百姓安居乐业，官员们辛勤处理事物，外敌也根本到不了这里，朱有孝的目的是要将这支精锐的部队送给朱由检，成为朱由检的武装力量核心。
自从天启六年末将朱由检召回京城以后，朱有孝便将许多日常国家管理的事情都交给他打理，起先是为了防止自己突然出事后引起动荡，后来看到自己没有任何意外发生，就重新做了计划，继续让朱由检代替自己的日常管理，锻炼他的领导能力。
经过近两年的考验，朱有孝发现朱由检的能力确实出众，不但是保持了前世的刻苦勤奋，而且还非常注意锻炼自己的体质，不会发生未老先衰的事情，再就是朱由检的多疑、寡断性格不见了，反而是非常善于听从大家的意见，还非常有自己的主见，完全具备了一个合格君主的条件。
自从朱有孝将朱由检安排和毛文龙一起出战开始，朱有孝就打算把毛文龙送给朱由检，让朱由检拥有强大的军队，忠心的将领。毛文龙确实也没有辜负自己的期望，把他送过去的士兵训练办法加以实践，训练出一支彪悍、凶猛的军队，这次的西征战役，就是毛文龙的考试答卷，毛文龙做的非常合格，这就更加坚定的朱有孝的决心。