孙承宗带着朱有孝的期望上路了，李信作为孙承宗的弟子也跟着去混经验、混资历去了，多数人都是认为李信是混经验、资历，但是李信自己却不这样认为，他希望发挥自己的能力，让不服气的人服气，要给他们一个极大的惊喜，自己来证明朱有孝的眼光是很准的。
戚金则带着三万神机营人马边训练边行军，一路顺保定、邯郸、信阳，直奔武汉。到了十一月初，孙承宗、戚金带领的三万大军已经抵达武汉，训练的目的已经达到，随行的三万后勤人马也先后抵达。
湖广巡抚魏光旭带领总兵官和副将、参将们一起拜见孙承宗，告知部队所需的船只、粮食等诸多后勤物资已经准备齐全，随时可以启动。
孙承宗决定先取重庆，因为重庆是奢崇明最早起兵叛乱的据点，其次取得重庆以后既可以南下直捣奢崇明的老巢永宁，还可以西下救援成都，更重要的是稳固重庆之后，可以当做后勤基地。神机营战力强悍，前提是保证有足够的物资供应。为了避免因为后勤供给不足造成失利，建立一个稳固的后方基地是必须的，作为军事大家，孙承宗未虑胜，先思稳是必要的，何况朱有孝是让他彻底平定四川，建立稳固的朝廷统治。
孙承宗、戚金带领大军从长江逆流而上，其艰难可想而知，一个三峡就让孙承宗费尽了脑汁，好歹损失不太严重，但是在时间上可就拖延到了十二月初。抵达重庆以后，孙承宗并没有让戚金攻城，而是先派兵秘密占领了江津城，以确保重庆的奢崇明败兵不会逆江而上再返回永宁，孙承宗的意思就是打歼灭战，不是击溃就算是胜利。占领江津以后又派兵夺取璧山县城，目的是坚决不让奢崇明的部队向南溃退，免得绕道返回永宁。形成包围圈以后孙承宗这才开始夺取重庆的战役。
其实对于孙承宗所率领的明军来说，重庆并不太难攻，只是为了尽量少杀伤无辜百姓，孙承宗采取的是围三缺一战术。明军沿嘉陵江而上，抵达重庆东北部，分兵北门、东门加好迫击炮，又命令士兵缓缓抵近城墙，接着开始排炮轰击两个城门以及城门两边一百五十步范围的城墙。
守卫重庆的是奢崇明的女婿樊笼，樊龙认为重庆号称山城，地势险要，城墙坚固，明军要想攻下重庆势必先围困，然后才能慢慢的一点一点的才有可能攻下来，没有半年六个月想攻下重庆根本不可能。但是明军要是攻上半年，永宁的援兵早就到了，成都城恐怕老丈人也早就夺取了，所以这家伙布置完防守，一点也不担心明军破城。
孙承宗和戚金二人各自指挥一半人马，分别攻击北门和东门。他们采取的战术是一样的，根本就不是列好队伍射箭、架云梯的传统攻城方式，而是排炮轰击城门两侧各一百步范围，城里用抛射的方式轰击。十排炮击过后，再看城墙上一个叛军也看不到了，城门已被炸开，以五列三排间隔十步方式进入城门洞内，进入城内以后马上变成三五七三排前后掩护的突击队形，遇到少量叛军，直接排枪射击，遇到大量叛军立刻三个小队每排十五人，迅速组成排队枪毙的队形。后面的‘二踢脚’小火炮每三人一组，共计三组对叛军的支援部队，进行隔离打击。