送走了诸位藩王以后，朱有孝开始集中精力改造大明朝的海军舰队了，目前的海军舰队主要是集中在东南部沿海地区，这些舰队的火炮也是老式的实心弹，现在的作战方式还主要以登船搏杀为主，对于直接击沉对方的舰船还是不太多，关键是炮弹威力太小，除非是大舰队遇到小船，可以直接击沉。
戚金的部队有一部分老兵就是在船上长大的，所以在孙承宗和戚金回来之后，朱有孝才开始正是决定这个问题的。朱有孝的意思是直接把戚金的部队改编成海军，这些精兵都是经过战场拼杀出来的，有较好的心理素质，再加上他们也都熟悉新式火炮的应用，这样一来他们很快就可以成军，迅速形成战斗力。
戚金对于皇上欲将其部队转为海军非常高兴，这标志着皇上对自己的重视。戚家军自从抗击倭寇开始，一直很注重海军士兵的训练，要不然的话也不会有对倭寇的海上围剿取得绝对性的胜利。但是自从戚家军被调到蓟州以后，海军方面的战例就再也没有了，只剩下陆战蒙古人的战例了，而且其战果辉煌胜过了海战，但是这并不意味着海战方面的人才就没有了，而是成了海陆战斗两方面都具备的人才了，这才是朱有孝更看重戚家军的原因，再加上现在戚家军扩编之后变成了神机营，以后再加以训练就是标准的大明朝海军陆战队的雏形。这样一来，这支部队无论海战还是陆战，都将是大明朝的精锐部队。
建设海军首先要建设的就是军舰，现在的军舰都是木制的，朱有孝想建立的则是由钢铁打造的战舰，但是对于目前的钢铁产量和质量来说，这事还不太现实的，所以朱有孝也只能像历史上那样一步一步的前进，首先制造的是铁甲舰队。但是就算是这样，船队的动力问题也不太好解决，蒸汽机的动力还是很小。在朱灵和宋应星、徐光启、毕懋康的共同努力下，在经过近半年的研究和试验中，他们发现有一个重要的问题不好解决，那就是润滑问题，在曲轴连接处的关节点上，经常有发热现象，造成了温度过高使用寿命过短，朱有孝想了想就告诉他们可以用蓖麻油或者菜籽油试一下，最后实验结果是蓖麻油效果更好。另外还有蒸汽机的调速问题、汽缸温度问题、传送动力问题等，这些都是一时半会不还解决的问题。对于这些问题朱有孝虽然心中有解决的办法，但还是没有直接讲出来，他怕自己说的太多妨碍了这些大牛们的思维能力，让他们形成解决不了问题就找皇帝的习惯，但是，也讲了一点离合器、变速器原理。其他的朱有孝只是让他们自己去在实践的过程中发现问题，继而解决这些问题，哪怕因此失去了制造舰船的时间向后拖延也在所不惜。
经过这么长时间以来，朱灵他们也终于制造出了一台可以实用的蒸汽机来，虽然功率不是太高，但是如果用来装在比较小的船舶上还是可以当做动力的。为了不浪费太多的材料，朱有孝决定把这一台可以实用的原始蒸汽机为蓝本，试制十二台同样的蒸汽机来试验大明朝的三等福船，一共建造三艘这样的铁甲船，每艘船使用四台蒸汽机。明朝的福船分为五个级别，最大的有近二十丈长，四丈宽，六丈高，最小的也有四丈长，一丈宽。一等福船不是用来做战舰的，就相当于现在的补给舰，二等福船是用来做战舰的，设计的比较结实，三等福船是用来巡哨的，行驶速度比较快。