朱有孝头疼的财政问题还没有结果，又一个事情出来了，兵部右侍郎兼右佥都御史熊廷弼被囚车押送回京，历史上这个事情大概就发生在这个时候，朱由校措手不及吃了大亏。
熊廷弼，少时家境贫寒，放牛读书，刻苦强记。万历二十五年乡试第一，次年中举人。《明史》称其“有胆知兵，善左右射”，“性刚负气，好谩骂，不为人下，物情以故不甚附。”这是在明朝晚期不可多见的有文化的军事家，这人的短处就是不通人情世故，曾经几起几落，但是就是改不了自己的性子，也许这就是他的宿命。但是现在的朱有孝已经不是历史上的那个朱由校了，熊廷弼的命运再也不会像历史上那样几起几落了。
今天又是早朝的日子，朱有孝又一次坐到了龙椅之上。
群臣参见已毕，王安喊道：“诸位群臣，有事早奏，无事退朝。”
这时御史冯三元出班奏道：“臣，冯三元上疏弹劾熊廷弼，熊廷弼在辽东假名增税，勒索百姓致使百姓怨声载道，声言筑城御敌，实是畏敌如虎，不敢主动出兵，误国误君，请求皇上治罪。”
“臣，姚宗文附议，熊廷弼经略辽东，不但没有收复失地寸土，而且徒耗国帑筑城修墙。臣曾经在辽东劳军，深知熊廷弼为人粗暴、性情怪异，经常无故呵骂下属。而且常借出外巡视之名，实则勒索当地百姓。臣请陛下立刻押解下狱，彻查此人。”
“臣，顾慥附议。熊廷弼罪不可赦，不杀不足以平民愤，请陛下下旨严惩。”
“臣，杨涟持异议，熊廷弼虽无大功，但巡视辽东亦未失寸土，仅以御史之言，尚书之语，就治其大罪，臣认为不妥，请陛下三思。”
朱有孝现在恨不得立刻下旨杀了冯三元、姚宗文、顾慥三人，就是因为这三个人熊廷弼被撤，接下来连连丢失沈阳、辽阳。但是御史就有闻风而奏的权利，你要是今天打了、杀了他，明天他就出名了，皇帝就成了昏君，既然有人告状，那就得查啊。
朱有孝压住心中的怒火道：“着东厂提督宋晋，立刻收押熊廷弼入内监，但不得动刑，请给事中杨涟负责询问事情原委，但不得动用刑具。”
其实朱有孝这道口谕有点不伦不类，这件事本应该由刑部审理，其他人不得干预才对，可是朱有孝要保护熊廷弼，但又不能让别人说出借口来，而东厂反正名声也不好，而且也有审讯的权利，甚至看起来比刑部审讯更有力度。因此，这三位弹劾的家伙只能叫皇上圣明了。
现在唯一郁闷的就是杨涟了，自己多了一句嘴，结果和声名狼藉的东厂搀和到一块了，自己还是负责人，这东厂都是些什么人，自己能指使得动么?但是杨涟是非常聪明的，瞬间几乎就明白了朱有孝的意图，这就是把公事变成皇帝自己处理的私事了。
朱有孝接下来就问道：“既然辽东经络熊廷弼被押，何人可代替熊廷弼经略辽东呢？这样吧，朕推荐一人吧。他就是翰林院侍讲，先帝的老师孙承宗。”