首先从柯南表小的那一刻开始，柯南的所有时间线就都混乱了，所以柯南变小的这一刻开始就设定为柯南元年。
柯南元年，19年前宫野艾莲娜与丈夫一起加入黑衣组织隶属的实验室开发a药。
柯南元年的17年前，羽田浩司案发生。
同年，赤井务武失踪。
同年柯南等一众主角出生。
柯南元年10年前，赤井一家人在海滩上遇到了工藤新一。
柯南元年7年前22岁的萩原研二殉职，这里增山远改变了剧情，直接抓住了炸弹犯救下了研二，研二没死松田也就不会在柯南元年的3年前去到搜查一课，也就不会死了。
柯南元年5年前，赤井秀一为了秘密调查黑衣组织化名“诸星大”，佯装被组织成员宫野明美驾驶的汽车撞伤，与明美相识后与之交往，利用这层人际关系认识了她的妹妹——组织中拥有顶尖头脑的科学家宫野志保，成功打入组织内部。
柯南元年4年前，诸伏景光和世良真纯在车站站台相遇，同年在组织殉职。
柯南元年2年前，fbi开展秘密逮捕琴酒行动，因为安德雷·卡迈尔的失误，导致行动失败，赤井的卧底身随之暴露，逃出组织回到美国。
柯南变小以后的时间线就没这么清楚了，只能从漫画里黑衣组织出现的情节来判定，这里就不考虑动画的魔改了。
变小以后，柯南第一次和黑衣组织接触是在列车上，这次柯南得知了琴酒和伏特加的代号，然后是遇到了龙舌兰，然后是十亿日元劫案，然后是宫野志保变成灰原哀，然后是皮斯科的剧情，然后就进入了满月篇（贝尔摩德变成新出医生以后都算满月篇）后续就不说了，大家应该都知道了。
最后是主角的时间线，主角和安室透这些警校五人组同龄，比赤井秀一小三岁。
柯南元年11年前，笛口晟为了满足自己欲望开始绑架幼女。
10年前，主角的姐姐被当做替罪羊抓了起来。
随后主角考入警校，在毕业后考取了公务员。
柯南元年7年前，主角22岁的时候进入了公安，并救下了研二，救下研二的剧情只是点了一下，关系到后面一个伏笔，没有细写。
柯南元年3年前，主角26岁升任警视，成为了警备二课的最大领导，同年花间宫子入职。
几个月后，柯南元年2年8，9月的时候，主角去了群马县调查池田松。
柯南元年1年前，主角抓到了池田松，回到东京，开了宠物店，剧情正式开始。
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