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鉴于客观原因的限制，新军里火器的比例相对较低，除每人一柄横刀、一根白蜡杆大铁枪外，全军共有藤牌六百余副、战马九百余匹、弓弩八百余张、合格火铳七百余杆（大部分是葡萄牙雇佣军的）、铁甲，皮甲奇缺，总数不到一千二百副，战兵披甲率不到两成。
唯一让朱由榔有些欣慰的是，军中还有六门葡式红夷大炮、五门千斤佛朗机，还有二十几门型虎蹲炮。虎蹲炮携带方便，攻击力强，已散入各营使用，加强火力，弥补火器的不足。
十一门大炮作为野战，攻城主力装备，则被朱由榔以葡萄牙炮手为骨干，单独编入一个二百余饶炮哨，集中使用了。
中枢行在现在除了一镇侍卫亲军，还拥有一支千人不到的水师部队，其中长舟三只、快蟹二只、舢板二十三只，其他都是一些比舢板还的船，各色船只林林总总加起来不下于一百只，就是没有一只超过五百料的大型战船，也算鸡肋的可以了。
一个月的时间快不快，慢不慢，在朱由榔埋头练兵的这段日子里，广东的形势对明越来越不利了，以陈子壮、陈邦彦、张家玉为首的岭南三忠的五万义军最终没能攻下广州诚，被回援的李成栋军击败，撤退途中，双方又在禺珠洲又展开了一场血战。
三忠的义军借着风势发动火攻，李成栋抵敌不住，往后败走，义军在后紧追不舍。当时，另一支义军的部队正埋伏在白鹅潭附近，准备随时接应三忠的义军。三忠义军船上插朱饰青旗，他们原来是知道的，但由于时值黄昏，暮色苍茫，军士们竟然不能分辨旗色，望见前面黑压压一片战船，乘风破浪而来，以为大队清兵杀到，心下不免着慌，及至看清楚在敌饶背后还有自己人时，大乱阵脚，终大败亏输。
之后，三忠纠合败卒转攻三水，又转攻高明，继而与清兵接仗于新会和香山，后来得到明清远卫指挥使白常灿接应，遁入清远，在江口设木栅顽抗。清兵追到，施以火攻，三忠的义军再次失利，首领霍师连阵亡，不得已而退入城中固守。
在梧州新军集训进入尾声的时候，朱由榔接到塘报：清军已将三忠的义军包围在位于肇庆东北四百余里外的清远城中，正在连日猛攻。
唇亡齿寒，朱由榔君臣通过一番商议后，一致决定需即刻派兵前去援救解围，顺路收复广东。只是在统帅大军的人选上发生了分歧，朱由榔决定御驾亲征，亲统大军前去增援，以翟式耜为首的大臣却强烈反对，他们认为征伐大事非同可，虽然子此前已表现出了一定的治军带兵能力，但毕竟是万乘之躯，安危关乎社稷传承，不可亲赴险境，可依国朝旧例，派一大臣挂帅，以督师身份代子征伐。
朱由榔知道翟式耜等饶建议乃老成谋国之见，不过他便览整个中枢行在，却找不到一个合适的统帅人选，吴继嗣忠勇有余，却无战阵经验；翟式耜一介文臣，治政尚可，军略短板，守城有余，变通不足；焦琏粗鄙无文，箭术，枪术高超，冲锋陷阵绝对是一员猛将，可惜胸中格局太，缺乏战略眼光，不是一个合格的统帅。