军队在经过一系列重组整编后，三忠的义勇被全部消化，淘汰下来的老弱都给予一定的补偿遣散归家。
最后，大明中枢拥有的总兵力如下：一、子直辖侍卫亲军陆师战、辅兵共计一镇一万四千兵马，共分四个野战兵团和一个营的宫城禁卫及一个营的子卫队（包括上百贴身近卫）。撤消了大汉将军编制和有名无实的府军卫，旗手卫、金吾卫、羽林卫、虎贲卫等上直十二亲军卫番号。
同时朱由榔顺应民心的把锦衣卫这个臭名昭着的机构也一并裁撤掉了，裁撤令旨一下，朝野震动，人心大慰，行在的文臣武将闻之无不拍手称快，纷纷上书大赞子圣明，中兴大业可期。
满朝文武如此沸腾激动也不能怪他们，实在是锦衣卫这个特务机构给他们和他们的前辈留下了太多的心理阴影。
在大明，无论士绅商贾，还是民百姓，只要一听到锦衣卫三个字，无不色变，锦衣卫就是残忍恐怖的代名词，士农工商，它无孔不入，无处不在，就像一条条潜伏在暗处的毒蛇，毛骨悚然的厂卫酷刑，类似地狱的诏狱、血淋淋的刑具，剥皮充草，十八般酷刑，让下民众草木皆兵。
在明朝统治时期，三百年里，锦衣卫曾掀起过数次血腥高潮，一次抓捕处决人数就是数千上万计，最盛时，不管你是公侯勋贵，还是帝师宰臣，锦衣卫让你三更死，你就活不过五更，可谓嚣张至极。
虽然锦衣卫的存在，确实起到了维护皇权，稳定了大明江山的作用，但副作用也不，它的存在践踏了大明纪纲法治，独立的侦查权，抓捕审判权，使国家的司法部门刑部、大理寺成为了橡皮图章。锦衣卫里的野心家借着皇权庇佑，往往滥用职权，贪赃枉法，打击异己，导致冤假错案横生，引发党争，使君臣离心离德，朝野鸡犬不宁，野蛮的****行为也使得腐败蔓延，流毒下，国家统治根基一点一点被侵蚀挖空。
所以改革优化特务机关势在必行，裁撤锦衣卫只是第一步，原因并不是特务机关的存在不好，只是它的名声太臭了，外加权力设置不太合理而已，中枢行在文武的称颂赞扬并没有让朱由榔昏了头，自断臂膀而沾沾自喜，到底，一个中央集权制的封建王朝，皇帝想要避免被架空，皇权想要压倒相权，就离不开特务机关的辅助，没有了特务机关就像人没有了眼睛一样，在争斗中会处处被动，后知后觉，弊远远大于利。
所以裁撤掉锦衣卫后，朱由榔又紧跟在后，悄悄建立了内镇抚司和外镇抚司两个独立的直接听命于皇帝的特务机构，其中内镇抚司负责侦查士民百官，探查动向，有无反叛行为，控制舆论，搜集情报等维护皇权；外镇抚司负责对外侦查敌情，搜集舆图，绘测地形、策反拉拢，使间破坏等等。
两个机构，两个镇抚使首领，一个对外，一个对内，彼此独立，互相监督互相牵制，这样可以有效的避免特务机关势大难制，超出皇帝掌控。同时为了避免新的特务机关产生难以控制的破坏力，重蹈锦衣卫的覆辙，朱由榔只给了内镇抚司侦查权，取缔了抓捕审判权。抓捕审判权暂时全部交给刑部和大理寺，外镇抚司权责相对较大，只要皇帝批准，必要时可秘密抓捕审讯敌方人员。